A Universidade Nilton Lins, no cumprimento de sua missão institucional, assume como princípios básicos:

I. A inserção regional constitui-se na base do trabalho pedagógico, científico e cultural da UNIVERSIDADE NILTON LINS, tendo como elementos propulsores as potencialidades da pluralidade cultural, a valorização e a promoção do ser amazônico;
II. A indissociabilidade ensino, pesquisa e extensão, alicerçada na coerência entre as experiências e tradições historicamente acumuladas na região, e as ações acadêmicas voltadas para a contribuição da solução dos problemas amazônicos;
III. Pluralismo de ideias e relação dialógica permanente com a comunidade, sustentados por um processo de construção e reconstrução de conhecimento, de intercâmbios nacionais e internacionais, de avaliação e autoavaliação.
Como decorrência dos princípios, a Universidade Nilton Lins aponta objetivos estratégicos:

I. Contribuir para o desenvolvimento da região, articulando significativamente o ensino, a pesquisa e a extensão;
II. Ministrar o ensino superior nas múltiplas modalidades previstas na legislação;
III. Realizar a investigação e a pesquisa científicas, visando o desenvolvimento da ciência e da tecnologia tendo sempre como referencial o homem amazônico e suas necessidades;
IV. Contribuir para a formação de uma cultura superior peculiar da realidade amazônica;
V. Atuar em pesquisa, desenvolvimento e inovação;
VI. Desenvolver permanente interação com a sociedade, um constante diálogo, potencializando as possibilidades de inovação e de contribuições significativas;
VII. Formar profissionais em todos os campos do conhecimento, capazes de contribuir com responsabilidade social para o desenvolvimento do país;
VIII. Promover-se como um centro de elaboração e comunicação de cultura, de modo a responder às condições e necessidades econômicas, sociais, políticas do Brasil, e, em especial da Amazônia;
IX. Elaborar programas de pesquisa e estudos, que forneçam subsídios para a solução de problemas e para o fomento do desenvolvimento da região amazônica;
X. Manter intercâmbio e cooperação com instituições científicas e culturais, nacionais e internacionais, visando ampliar cada vez mais o alcance da ação institucional;
XI. Manter espírito de permanente abertura com a comunidade, visando a difusão das conquistas e benefícios da criação cultural e da pesquisa científica e tecnológica gerada na Instituição;
XII. Absorver e transmitir de forma inovadora, os conhecimentos produzidos pelo homem;
XIII. Manter a qualidade de ensino como princípio e condição primordial;
XIV. Atuar no processo de desenvolvimento da comunidade de sua área de abrangência mediante programas de integração;
XV. Constituir-se em um dos fóruns de debate das questões e problemas da comunidade, com projetos de serviços ligados às áreas em que oferece cursos;
XVI. Formar, aperfeiçoar e especializar educadores, profissionais e pesquisadores, conferindo-lhes, segundo o aproveitamento por eles obtido, os graus e títulos respectivos;
XVII. Promover a extensão do ensino e da pesquisa na comunidade, mediante cursos e serviços especiais;
XVIII. Promover a pesquisa nos vários campos do conhecimento como fonte renovadora do ensino;
XIX. Criar condições de atualização permanente de educadores, profissionais e pesquisadores.